Người Kyrgyz chủ yếu là tín đồ Hồi giáo Sunni.[10] Hồi giáo lần đầu tiên được truyền bá bởi các thương nhân Ả Rập đi dọc theo con đường tơ lụa vào thế kỷ thứ 7 và 8. Trong thế kỷ thứ 8, Hồi giáo chính thống đã vươn đến thung lũng Fergana của người Uzbek. Chủ nghĩa vô thần nói chung đã làm phai nhạt ảnh hưởng của Hồi giáo ở khu vực phía bắc (gần thủ đô hơn) dưới thời Liên Xô. Tính đến ngày nay, một vài nghi thức văn hóa của Shaman giáo vẫn được tiến hành cùng với Hồi giáo đặc biệt là ở khu vực Trung tâm Kyrgyzstan. Trong một cuộc phỏng vấn vào tháng 7 năm 2007, Bermet Akayeva, con gái của Askar Akayev, cựu Tổng thống của Kyrgyzstan, nói rằng đạo Hồi ngày càng bén rễ trong dân chúng kể cả ở khu vực phía bắc vốn chịu ảnh hưởng mạnh của chính sách vô thần của cộng sản. Cô nhấn mạnh rằng nhiều nhà thờ Hồi giáo đã được xây dựng và rằng Kyrgyzstan đang ngày càng Hồi giáo hóa.[11]